Psikanalizin bir tedavi yöntemi olarak yetişkinlere uygulanmaya başlamasından kısa süre sonra çocuklar da bu yöntem ile tedavi edilmeye başlanmışlardır. Ancak çocuk ile yetişkin arasındaki farklılıklar ilk çocuk psikanalistlerini daha yaratıcı olmaya ve çocuklara uygun yöntemler bulmaya yöneltmiştir. Örneğin çocukta serbest çağrışım yönteminin uygulanmasındaki güçlükler ilk çocuk psikanalistlerinden Hermine Hug Hellmuth ve özellikle de Melanie Klein’ı, oyunu serbest çağrışım gibi değerlendirme yoluna sevk etmiştir. Aynı şekilde resim ve Winnicott’un geliştirdiği çiziktirme (squiggle) yöntemi de çocuğun bilinç dışının ifadesine yardımcı olan araçlardır. Çocuğun anne babasına bağımlı oluşu, yetişkin psikanalizinden farklı olarak anne babaları da tedavinin bir parçası haline getirir; psikanalist çocukla yaptığı psikanalitik çalışma yanında anne babalarla da düzenli aile görüşmeleri yapar.

Günümüzde çocuk ve ergen ile psikanalitik çalışma, Winnicott’un tarif ettiği şekilde terapötik konsültasyon, psikanalitik psikoterapi, anne babalar ile psikanalitik görüşmeler ve asıl olarak da haftada en az üç seans  olmak üzere çocuk psikanalizi şeklinde gerçekleşmektedir. Çoğunlukla davranış sorunlarının arkasında yatan duygusal sorunlar (kaygı, depresyon, ketlenme) ve uyum sorunları çocuk psikanalistinin en sık karşılaştığı şikayetlerdir.

Çocuk ve ergenlerle psikanalitik çalışma özel bir eğitim gerektirir.